Ученые создали программу для анализа иммунитета

Группа учёных из Института биоорганической химии РАН разработала многофункциональный браузер VDJviz для работы с большими объёмами данных, получаемых с помощью современных средств анализа последовательностей ДНК, сообщает "rns.online".

Разработка позволит ускорить процесс анализа данных новой области знаний – иммуногеномики, что поможет создать методы терапии серьёзных заболеваний, связанных с нарушением формирования и функционирования системы адаптивного иммунитета.

"Программа получила своё название – VDJviz – от названия групп фрагментов генома, из которых формируются зрелые гены рецепторов В- и Т-клеток иммунной системы, а также антител (или иммуноглобулинов – растворимой формы антиген-распознающего рецептора В-клеток): V – variable, D – diversity и J – joining. Сложный процесс созревания таких генов, называемый V(D)J-рекомбинация, лежит в основе формирования адаптивного иммунитета – защитной системы организма, теоретически способной противостоять любому встречаемому патогену и предотвращать развитие опухолей", — отметил кандидат биологических наук, научный сотрудник Лаборатории сравнительной и функциональной геномики Института биоорганической химии РАН Иван Звягин.

В ходе VDJ-рекомбинации по одному фрагменту из каждой группы V, D и J соединяются вместе, образуя уникальную последовательность, кодирующую антиген-распознающий участок рецептора. Такой процесс происходит в организме множество раз при созревании каждой В- или Т-клетки, в результате чего формируется огромный набор В- и Т-клеток каждая из которых имеет уникальную структуру антиген-распознающего рецептора. Вся совокупность вариантов структуры этих рецепторов называется В- или Т-клеточным репертуаром.

Авторы работы отмечают, что современные методы молекулярной биологии позволяют определять кодируюущие последовательности этих гипервариабельных рецепторов и иммуноглобулинов – технология RepSeq. Обработка таких данных с помощью различных инструментов биоинформатики помогает исследователям восстанавливать репертуары клеток системы адаптивного иммунитета.

 

Читайте Comments.ua в Google News