Министерство отрицает создание каких-либо дискриминационных условий при проведении госзакупок, а также заявляет о разработке правовых и организационных мер по усовершенствованию проведения закупок. По данным Минэкономики, наибольший объем государственных средств в 2003 при проведении госзакупок был израсходован по схеме конкурентных открытых торгов.

19 марта 2004 года коллегия Счетной палаты Украины огласила, что колличество нарушений при использовании бюджетных средств в 2002-2003 годах увеличилось. На 22 проверенных объектах были выявлены нарушения действующего законодательства относительно государственных закупок на общую сумму 361,37 млн. грн. Причем нарушения Минэкономики действующего законодательства при осуществлении государственных закупок были оценены на сумму 220,277 млн. гривен.

Счетная палата является подчиненным Верховной Раде институтом финансово-экономического контроля за использованием средств госбюджета.